В 1918 году вместе с группой актеров и режиссеров Протазанов эмигрировал в Европу, где на студиях лучших кинофирм снял ряд прекрасных картин. В 1923 году Протазанова уговорили вернуться в Москву, где он сразу же приступил к съемкам «Аэлиты» по роману Алексея Толстого. Премьера фильма наделала много шума. Как это часто бывало с картинами Протазанова, критика сердилась, а публика штурмовала кассы.

В 1920-е годы режиссером были сняты блестящие комедии – «Закройщик из Торжка» (1925), «Процесс о трех миллионах» (1926), «Праздник святого Йоргена» (1930) и другие, которые пользовались большим успехом у зрителей. Еще среди немых фильмов тех лет: «Чины и люди», «Сорок первый» и «Белый орел».

Следующие фильмы Протазанова были уже звуковыми. Наиболее яркие – «Марионетки» (1934) и «Бесприданница» (1936) А.Островского, последняя стала одной из лучших советских экранизаций классической драматургии. Фильм с триумфом демонстрировался на экранах страны, а на всемирной выставке в Париже в 1937 году получил золоту медаль. Последними работами режиссера стали историческая картина «Салават Юлаев» (1941) и комедия «Насреддин в Бухаре» (1943).

В фильмографии Протазанова более 100 картин. Он был мастером чуда превращения реальности в искусство, а сильнейшей стороной творчества режиссера была работа с актерами. Он открыл ряд выдающихся актерских имен: Н.Баталов, И.Ильинский, В.Марецкая, А.Кторов, Н.Алисова, И.Мозжухин, М.Климов, М.Жаров и многие другие.

Заслуженный деятель искусств РСФСР и Узбекистана Яков Александрович Протазанов умер 8 августа 1945 года в Москве, до последней минуты работая над режиссерским сценарием «Волки и овцы». Он был похоронен на Новодевичьем кладбище.